SSR分析

应用基因组学平台利用SSR分子标记检测技术与平台自主研发的SSR数据分析系统，对2305份大豆标准样品、5000余份普通大豆样品和100余个大豆参试品系样品（含转基因新品系20余个）进行了SSR分子标记检测和指纹图谱分析，支撑了作科所大豆分子育种课题组开展大豆品种DNA指纹数据库构建工作和大豆参试品系的特异性、相似性鉴定工作，实现了对回交品种纯合度的科学评价，保障大豆品系的精准选择和纯度鉴别，对加速植物育种过程和提高育种效率起到了重要作用。平台支撑了大豆品种真实性鉴定 SSR 分子标记法的修订，助力构建高效、精准的大豆快速育种技术体系大豆快速育种技术体系的建立，并对水稻（3000余份）、玉米、苜蓿、冰草等多种作物进行了SSR检测，为多种作物真伪鉴别、种质资源保护和育种工作提供了科学、快捷、精准的技术保障。

全基因组重测序

应用基因组学平台利用真迈生物SURF-Seq5000测序平台开发了全基因组重测序方法，支撑作科所玉米基因编辑课题组对EPS突变体库群体进行高深度重测序，精准鉴定了EPS系统在全基因组范围内诱导产生的单核苷酸变异（SNP）与小片段插入缺失（InDel），系统评估了该技术的诱变效率与特征谱。通过对突变位点与丰富表型变异（如株型、生育期、产量构成）的关联分析，成功定位到一批与重要农艺性状显著相关的候选基因组区间，为鉴定高产、优质、抗逆相关的功能基因提供了关键的遗传定位信息，为新一代智能设计育种奠定了坚实的遗传学基础。

高通量基因分型

应用基因组学平台利用高通量基因分型平台（GeneMatrix）开发了基因型检测方法，支撑作科所小麦抗逆分子育种课题组对389个小麦品种的SNPs和特定位点上的InDels进行精准的双等位基因分型，其中338份品种为SNP-6-AA， 42份品种为SNP-6-TT； 325份品种为SNP-7-GG， 55份品种为SNP-7-AA，从而解决了快速准确的对小麦群体进行高通量基因分型的问题，对于抗逆和高产基因的挖掘有很好的支撑作用。作科所小宗作物种质资源课题组利用从大麦的测序数据中筛选21个SNP标记，借助高通量基因分型平台，快速获取近千份大麦种质资源的SNP分型信息，鉴定评估新收集的种质资源的冗余度，为种质资源入库保存提供参考。

BSA-seq

应用基因组学平台基于全基因组重测序数据，开发了BSA-seq分析体系。支撑作科所水稻株型基因解析课题组对水稻稀穗突变体混池测序，通过mutmap方法成功克隆到控制水稻穗的发育基因。支撑作科所水稻功能基因组学课题组分析水稻基因组的单核苷酸多态性（SNP）和插入缺失（InDel）等遗传变异，构建水稻遗传变异图谱，发现水稻品质、抗逆等重要性状相关基因。

基因编辑脱靶效应分析

应用基因组学平台利用基因编辑脱靶分析技术支撑作科所作物光合生理调控课题组在学术期刊TheCrop Journal在线发表了题为“Rice fructokinases orchestrate carbon partitioning to regulate photosynthesis and sugar metabolism”研究成果。该研究对果糖激酶突变体进行了脱靶鉴定分析，协助阐明了细胞质和叶绿体果糖激酶在协同调控水稻光合作用、糖分配及产量形成中的关键作用，为未来利用优异OsFRK单倍型进行水稻遗传改良提供了重要的基因资源。

转录组测序

应用基因组学平台基于真迈生物SURF-Seq5000测序平台开发了转录组测序方法，支撑作科所小麦籽粒发育与设计课题组对小麦微核心种质群体进行系统分析。全面解析了不同小麦群体的遗传结构与遗传多样性，发现群体结构差异与地理位置和生态环境存在关联，为理解小麦微核心种质群体的进化特征及其对遗传结构的影响提供了新的视角。支撑作科所小麦基因组学与应用团队与河北农业大学在学术期刊《AdvancedScience》在线发表了题为“Autopolyploidization-Induced Chromatin Remodeling Regulates Leaf Size Variation in Brassica rapa”研究成果。该研究系统解析了同源多倍化过程中染色质动态变化与表型分化的分子机制。

高通量基因编辑鉴定

应用基因组学平台利用SURF-Seq5000测序平台开发的高通量基因编辑技术，支撑了作科所水稻优异种质资源发掘与创新利用团队的水稻多基因功能研究。团队对800份水稻四突杂交种样品进行了四个基因的编辑检测，快速、精准地鉴定出各种突变组合，成功分离出单突、双突、三突和四突材料。该工作展示了高通量测序技术在复杂育种群体筛选中的强大能力，为水稻遗传改良提供了高效的技术解决方案。

遗传图谱构建

应用基因组学平台支撑作科所谷子基因资源课题组构建了谷子高密度遗传图谱，并进行重要农艺性状以及品质性状的QTL定位，成功鉴定到73个目标性状显著相关的QTL位点，为谷子重要性状相关基因克隆奠定基础，并为加快其株型和品质性状改良提供遗传信息。

miRNA-seq分析

小RNA研究主要用于作物生长发育调控、逆境响应机制、抗病抗逆、产量与品质调控、表观遗传与杂种优势等研究。通过高通量测序鉴定小RNA，预测其靶基因并构建调控网络，可揭示相应分子应答机制；同时用于挖掘关键小RNA，开发分子标记，指导分子育种与基因编辑改良，是功能基因组与精准育种中不可或缺的研究手段。

T-DNA插入位点分析

应用基因组学平台利用T-LOC生物信息分析软件构建了一套完整的基于二代测序的T-DNA插入位点分析流程，现已应用在大豆和水稻样本中，通过比对reads与T-DNA、参考基因组序列，可有效检测T-DNA在基因组中的插入位置，并获取T-DNA插入位点模式图、T-DNA和植物基因组嵌合测序read序列等分子特征信息。

靶向测序分析

靶向测序分析在农业中应用广泛，可针对水稻、小麦、玉米等开展抗性基因富集、外显子捕获、泛基因组解析、分子标记开发及基因组选择，凭借靶向富集、高覆盖深度、低成本、探针定制灵活的优势，大幅提升了功能基因挖掘、变异鉴定与分子育种效率，是复杂基因组研究和农业遗传改良的核心技术手段。