主要仪器与技术
服务项目

提取合成服务:高通量DNA提取、RNA提取、引物合成。

测序服务:全基因组重测序、转录组测序、单细胞测序、一代测序、SSR分析、基因编辑靶点鉴定、基因编辑脱靶效应鉴定。

其他服务:SNP基因分型、基因表达量鉴定、转基因拷贝数鉴定。

联系人:孙老师

电 话:18645149460

服务类型

服务内容

概述

仪器 /技术

联系方式

基因表达及分型

基因表达量检测

对基因表达模式检测,荧光定量 PCR仪可检测基因相对表达量,微滴式数字PCR仪可检测基因绝对表达量。

ABI 7500;
NextGene QI96;
伯乐 QX200;
领航基因 AD1600。

陈老师: 15110291297

桑格法毛细管测序

主要应用于常规 PCR产物、质粒、菌液、克隆检测、单基因检测和小通量筛选等少量个体水平研究。

ABI 3730测序仪

基因编辑靶点 /脱靶检测

高通量提取基因组 DNA,结合一代测序和生物信息学分析,一体化完成基因编辑情况检测。

高通量便携式核酸提取仪; ABI 3730测序仪

DNA合成

各种引物合成, DNA序列合成等。

DNA合成仪

SSR检测

PCR技术为核心的DNA分子标记技术,具有高度重复性、丰富的多态性、共显性特点。在遗传图谱构建、数量性状位点(QTL)定位、标记辅助选择、遗传多样性评估、遗传检测等领域都有着重要的应用价值。

ABI 3730测序仪

高通量 SNP和InDel标记检测

应用于分子标记辅助选择育种,基因精细定位,育种种质资源评估分析,种子真实度一致性检测及转基因成分检测等实验。

瀚辰光翼 GeneMatrix

孙老师: 18645149460

单细胞测序

高通量流式拉曼分选仪进行单细胞拉曼信号采集与分选,结合测序平台对单个细胞内的基因表达情况研究。

利用星赛 FlowRACS

基因组学分析

全基因组测序

通过对样本中的所有基因组 DNA进行测序,获得完整的基因组信息,包括基因编码区和非编码区。

华大 DNBSEQ-T7平台

基因组 De novo组装注释

基因组组装和注释解决方案,用于研究未知物种或已知物种的新基因组。

外显子测序

提供高质量的外显子测序,帮助揭示基因组中编码蛋白质的外显子区域的序列信息

Hi-C/Bionano测序

Hi-C测序可帮助揭示基因互作、基因调控和染色体重排等信息, Bionano测序则可提供高分辨率的染色体结构图谱。了解基因组的空间组织和结构变化。

转录组分析

真核有参转录组测序

测序样本中的 mRNA,揭示基因在特定组织或条件下的表达情况,有助于研究基因的功能和调控。

真核无参转录组测序

在没有参考基因组序列的情况下,对样本中的全部转录本进行测序和表达分析。

small RNA测序

通过特异性地识别结合 RNA诱导的沉默复合体(RISC)对目标 mRNA 的表达在转录和翻译水平进行抑制。

LncRNA测序

LncRNA高通量测序,采用去核糖体链特异性建库方法,对长链非编码 RNA、mRNA 、环状RNA等大RNA进行测序研究,从而快速全面准确地获得与特定生物学过程(例如发育、疾病等)所有大RNA转录本数据信息,可应用于细胞分化和发育的研究、调控机理的研究。

表观组测序

全基因组甲基化测序

利用高通量测序技术检测 DNA甲基化模式,揭示甲基化在基因表达调控、发育和疾病等方面的重要作用,为表观遗传研究提供全面视角。

ChIP-seq

通过高通量测序技术检测蛋白质与 DNA结合位点,揭示转录因子、组蛋白修饰等的作用机制,帮助解析基因调控网络和生物学过程中的蛋白质-DNA相互作用。

RIP-seq

利用高通量测序技术检测 RNA与与其相互作用的RNA结合蛋白,帮助鉴定RNA结合蛋白的结合位点,揭示RNA的调控机制和功能,为研究RNA相互作用提供全局视角。

ATAC-seq

利用高通量测序技术检测开放染色质区域,帮助鉴定基因调控元件、染色质状态和基因调控网络,为理解基因组的三维结构和调控提供高分辨率的信息,是研究基因调控和表观遗传机制的重要工具。

应用案例

SSR分析

应用基因组学平台利用SSR分子标记检测技术,结合自主开发的数据分析系统,支撑了作科所大豆分子育种课题组开展快速大豆参试品系的特异性、相似性鉴定工作,完成20余个大豆参试品系进行检测,其中含转基因新品系6个。上述工作实现了对回交品种纯合度的科学评价,保障了大豆品系的精准选择和纯度鉴别,对于加速植物育种过程和提高育种效率起到了重要作用,支撑了大豆快速育种技术体系的建立。


2023年,重大平台中心利用DNBSEQ-T7测序平台为作科所及相关兄弟院所的多个研究团队提供测序服务,支撑了其重要科研工作。

高通量测序质量控制结果

全基因组重测序

应用基因组学平台利用DNBSEQ-T7测序平台开发了全基因组重测序方法,支撑作科所水稻株型基因解析课题组对水稻稀穗突变体混池测序,通过mutmap方法成功克隆到控制水稻穗发育基因。支撑作科所小宗作物种质资源课题组对中国大麦种质资源微核心种质的基因组重测序,获取基因型变异,通过对群体结构、亲缘关系、基因流以及进化选择等问题的研究,解析中国大麦种质资源的遗传多样性,挖掘重要性状功能基因。支撑作科所水稻功能基因组学课题组分析水稻基因组的单核苷酸多态性(SNP)和插入缺失(InDel)等遗传变异,构建水稻遗传变异图谱,发现水稻品质、抗逆等重要性状相关基因。支撑作科所谷子基因资源课题组构建了谷子高密度遗传图谱,并进行重要农艺性状以及品质性状的QTL定位,成功鉴定到73个目标性状显著相关的QTL位点,为谷子重要性状相关基因克隆奠定基础,并为加快其株型和品质性状改良提供遗传信息。支撑北京大学周岳研究团队对拟南芥进行Chip-seq,解析了拟南芥中PWO家族蛋白对TAD结构域的调控机制。


差异表达基因表达情况分析结果

转录组测序

应用基因组学平台利用DNBSEQ-T7测序平台开发了转录组测序方法,支撑作科所小麦品质育种课题组分析了小麦株高近等基因系拔节期和灌浆期的茎秆目标区间内的差异表达基因,预测候选基因,从而实现株高基因的图位克隆。团队还对转基因阳性株系和阴性株系拔节期茎秆、灌浆期叶片和近等基因系硝酸盐处理后的根和地上部分进行转录组测序,分析其潜在的下游靶基因以及基因调控株高的通路,丰富了小麦的矮秆基因资源,对揭示小麦形态建成分子机理有重要作用。支撑作科所水稻株型基因解析课题组分析不同发育时期以及不同长度的突变体幼穗潜在的下游靶基因,对水稻二级枝梗发育以及高产水稻品种培育提供了重要理论基础。支撑作科所水稻功能基因组学课题组挖掘不同发育阶段水稻胚乳中的差异表达基因,深入探究其在稻米品质性状改良中的功能,为揭示水稻遗传变异、基因表达调控及品质改良等方面提供关键信息。支撑中国农科院生物技术研究所作物RNA表观基因组技术课题组对不同植物的单细胞转录组测序,绘制单细胞图谱为不同细胞类型提供更精准的基因表达情况,研究在不同胁迫处理条件下的细胞响应机制以及细胞间的相互作用。


高通量基因分型

应用基因组学平台利用高通量基因分型平台(Gene Matrix)开发了基因型检测方法,支撑作科所小麦抗逆分子育种课题组对389个小麦品种的SNPs和特定位点上的InDels进行精准的双等位基因分型,其中338份品种为 SNP-6-AA, 42份品种为SNP-6-TT; 325份品种为SNP-7-GG, 55份品种为SNP-7-AA,从而解决了快速准确的对小麦群体进行高通量基因分型的问题,对于抗逆和高产基因的挖掘有很好的支撑作用。作科所小宗作物种质资源课题组利用从大麦的测序数据中筛选21个SNP标记,借助高通量基因分型平台,快速获取近千份大麦种质资源的SNP分型信息,鉴定评估新收集的种质资源的冗余度,为种质资源入库保存提供参考。

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